Uma vez, quase, mais ou menos.
Excluindo referências improvisadas, como em Melhor dos Dois Mundos , como você mencionou, posso encontrar apenas uma referência a nanites que realmente aparecem em um episódio. Isso está no episódio "Meld" de Star Trek Voyager, temporada 2. Neste episódio, Tuvok e The Doctor estão investigando um assassinato e nanites desempenham um papel fundamental na identificação do assassino:
EMH: Do you see the DNA strands on the lower border?
TUVOK: Yes. They were retrieved from inside the head wound by nanites that I designed to recognise unusual DNA patterns. This DNA was isolated because it didn't belong to the victim.
Ênfase adicionada.
Os próprios nanites nunca são vistos ou representados no episódio, até onde eu sei, mas estão presentes nos eventos (ou assim nos dizem) e têm um papel direto na história. Graças à investigação do DNA do nanita, é revelado que o assassino éCrewman Lon Suder, an impulsively violent Betazoid from Chakotay's band of Maquis.
Além disso, gostaria de esclarecer que as máquinas nanoscópicas usadas pelos Borg são corretamente referidas como nanossondas , não nanites .