Parece ser um nome que ele deu a si mesmo quando era muito mais novo. Nenhuma data é dada, mas, se bem me lembro, ele foi apelidado de Indiana no programa de TV O Jovem Indiana Jones Chronicles (1992-93)
Descobrimos a origem do nome em Indiana Jones e a Última Cruzada (1989)
Sallah: Please — what is always with this "Junior"?
Henry Jones Sr.: That's his name: "Henry Jones, Junior."
Indiana Jones: I like "Indiana."
Henry Jones: We named the dog Indiana.
Marcus Brody: May we go home now, please?
Sallah: The dog? You are named after the dog? [laughs]
Indiana: [coldly] I've got a lot of fond memories with that dog
Como acontece, o personagem é, na verdade, nomeado após um cachorro
But it's true. Indiana was the name of an Alaskan malamute George Lucas owned in the '70s.