Tanto as fronteiras com a Argentina como o Paraguai são muito fáceis de passar sem obter carimbo de entrada / saída, como você percebeu - quase todo mundo que passa é um turista visitando as cachoeiras por um dia ou cidadãos do Mercosul que não precisam de passaportes para atravessar.
Não é um grande problema e o curso de ação mais simples é o que você mencionou:
- ir para o Paraguai com o ponto de saída brasileiro (você pode apenas passá-lo a pé ou não sair do ônibus)
- entre e saia do Paraguai, obtendo o selo ou não
- entrar no Brasil recebendo o selo e preenchendo Cartão de entrada e saída (não perca!), melhor a pé para ter certeza que você não vai perder a fronteira novamente (a ponte não é que tanto tempo)
Se preferir, você também pode ir à Polícia Federal em Foz do Iguaçu e tentar se explicar, mas pelo amor de Deus não tente voar dentro / fora do Brasil sem o selo, como você teria conseqüências, com certeza - estou aqui 100% legalmente registrado e ainda tenho alguns problemas com PF a cada poucas semanas.