Tenho certeza de que há uma cena da Cisco explica tudo em algum lugar, mas não consigo me lembrar em qual episódio seria.
No entanto, com base na evidência de eventos na terceira temporada, eu diria que o tempo no Flash é realmente muito estável e é realmente muito difícil de mudar.
Por um lado, quando Barry criou Flashpoint, ele mudou muito da linha do tempo que o universo inteiro começou a se desfazer. Thawn insulta Barry, dizendo que é porque Barry mudou o tempo "como um amador". Isso implicaria que é possível alterar o passado e o futuro, mas tem que ser sutil.
É feito um backup adicional com a progressão da 3ª temporada. Barry consegue consertar o ponto de fulgor, mas ao fazê-lo há algumas mudanças muito sutis. O Team Flash passa a temporada inteira tentando mudar o resultado do futuro com sucesso variável.
In the final episode of the season, they show that most of the events they thought have changed or prevented actually still happened. In the end, the only way they were able to save Iris was for Wells to pretend to be her. The events actually still happen exactly as Barry saw in his first trip to the future.
Então, para responder à pergunta, as alterações em uma linha do tempo afetam apenas uma linha do tempo, porque essas alterações são muito pequenas. O tempo no Flash é na verdade muito estável e principalmente linear. A maioria, se não todos, os eventos de Thawn e Zoom ainda ocorreram durante a temporada 1 & 2. Barry ainda viajou para outras terras. As pessoas que viajam da Terra 2 e além estão viajando para a nova linha do tempo criada após o Flashpoint. As mudanças são muito sutis e provavelmente nem notam.