Sim.
Do DMG 3.5, página 93:
Characters swimming, floating, or treading water on the surface, or wading in water at least chest deep, have improved cover (+8 bonus to AC, +4 bonus on Reflex saves) from opponents on land. Landbound opponents who have freedom of movement effects ignore this cover when making melee attacks against targets in the water. A completely submerged creature has total cover against opponents on land unless those opponents have freedom of movement effects.
(a mesma regra no Documento de referência do Pathfinder )
Minha própria interpretação dessa regra é a seguinte:
Se você está atacando com uma arma e não está sujeito a liberdade de movimento , então a superfície da água bloqueia a linha de efeito. Isso significa que duas criaturas que têm pelo menos o peito na água têm uma cobertura melhorada em relação uma à outra. Uma criatura completamente submersa tem cobertura total e, portanto, não pode ser atacada.
PHB 3.5, página 152:
If you don’t have line of effect to your target he is considered to have total cover from you. You can’t make an attack against a target that has total cover.