Sua descrição me faz lembrar de The Vanished de John Peel. Há várias diferenças, por isso pode não ser o livro que você está procurando.
O livro começa com um adolescente que acorda para encontrar todas as outras pessoas desaparecidas, as ruas e as cidades vazias, ninguém lá. Ele dirige ao redor e acaba encontrando algumas outras pessoas - talvez quatro crianças permaneçam no total, dois meninos e duas meninas? Eles ficam juntos, se escondem em algum lugar - não se lembra se é um shopping, mas faz sentido - e passam tempo tentando descobrir o que aconteceu, bem como descobrir como sobreviver com mais ninguém. E, no final, desce para dois, um menino e uma menina (e sim para o romance), em um mundo novo e vazio que pertencerá a eles.
Então, como eu disse, um pouco de semelhança.
As diferenças são que neste livro há uma subtrama na categoria "onde todos foram", as crianças caçam as respostas e acabam encontrando alguém que sabe (não um adolescente, um adulto em uma roupa de ambiente), e descubra o que aconteceu.
what actually happened, was, the kids were kidnapped away as part of an experiment on communal belief creating reality (people who reinforced, or enforced this belief, kept it stable when individual belief might fluctuate, were called cornerstones)... the world they were on was actually empty and uninhabitable (toxic) but because they didn't know, they believed they were still home and created or superimposed their expected, habitable, surroundings on the new world. It was thus necessary in their eyes for the kids to be kidnapped, and then to be kept ignorant, since doubt would undermine the habitable... illusion? terraforming? whatever. And the kids would then die.
Um ponto de virada acabou sendo as cidades vazias, com toda a tecnologia, etc do seu mundo era muito complexo, e seus números (~ 4) muito poucos, para sustentar a terraformação. Não me lembro o que aconteceu com os outros adolescentes - capturados, perdidos, mortos, decidiram cooperar com os que executam o experimento ... Os dois últimos acabam fugindo, e decidem que o jardim pastoral vazio é muito mais sustentável - então acaba sendo seu próprio jardim pessoal do Éden, ou algo assim.
Assim, embora haja muita sobreposição, a falta do ponto de vista sobre quem-as-pessoas é significativo para o romance, e se não estivesse em sua memória, este pode não ser o livro que você leu. Parece perto o suficiente para oferecer, no entanto.