No filme, havia vários lugares onde foi alegado que Zeus está realmente morto. Tanto Hipólita quanto Ares disseram (ou strongmente implicaram) isso. A impressão geral dada pelo filme é que os deuses, em geral, se foram, deixando a humanidade se defender por si mesma. Acredito que isso realmente vai atuar no enredo da Liga da Justiça , com base em algumas informações dos trailers e vazamentos anteriores do roteiro.
Nos quadrinhos, Zeus e os outros deuses do Olimpo estão vivos e bem. No Novo 52 (o enredo mais recente), Zeus desapareceu e presume-se morto, principalmente pelos deuses que querem tomar seu trono.
He's actually been reborn as the child Zola, as part of a plan to ferret out traitors on Mt. Olympus.