Um reparo 3x3 usando a técnica que você descreve é bom, assumindo que não está em um local crítico, como imediatamente adjacente à abertura do dreno do vaso sanitário. Se for, você pode achar que o estresse do banheiro naquele ponto resulta em flexão demais. Nesse caso, corte a área para fora e flutue alguma madeira sob as bordas do remendo e substitua a peça.
Caso contrário, é improvável que você tenha um problema. Argamassa Thinset não fornecerá muita rigidez, mas certamente é difícil o suficiente para fazer o trabalho.