Xenopedia tem um artigo muito detalhado sobre os Engineers. Parece que o Universo Alien não é o mais consistente, então não há realmente uma resposta consistente.

I believe there are two warring factions in the engineer race. The first faction strives to create life, seeding worlds with its DNA. The other faction fights against this goal, by destroying that life.

The first engineer we see is dressed in a simple robe and drinks the black liquid in what seems like a religous ceremony. I imagine he was chosen for this duty because of his excellent DNA. Look at the guy: he's beautiful. The ship that brought him to earth is saucer-shaped and probably dropped other engineers on other parts of the planet. It's probably a transport ship carrying lots of engineers.

Contrast with the engineer seen in the second half of the movie. He appears to dress like a warrior and clearly doesn't like humans. Also, his ship is different: its purpose is to deliver the modifying, destructive black liquid.

Eu costumava ler os quadrinhos alienígenas e acho que essa idéia veio deles originalmente, mas não consigo me lembrar de qual série. Eu certamente não sou inteligente o suficiente para ter pensado em mim mesmo.

Aqui está uma resposta possível, encontrada em um artigo do io9: link

Embora seja mais uma especulação, ela é bem argumentada e documentada e pode ajudar outras pessoas que compartilharam minha curiosidade.

[edit] Trecho relevante de artigo da io9 incluído abaixo

The digital orrery that David activates indicates that Earth is just one planet that the Engineers were working with. (It would have been surprising had it been anything else.) What was taking place here was nothing less than a monumental program of experiments involving DNA accelerants, making it tempting to ascribe to that black goo a primordial/mythic status. Scott has said that 1981 caveman drama Quest for Fire was a big influence for this film, and one wonders how far to take that comparison. If that black goo really is the fire a la Quest (and the Prometheus legend itself), then the Engineers never created the accelerant, but rather stumbled across it. Or else were given it by their creators. This notion of the Engineers falling short of the status of unmoved mover — that they're not at the apex of the cosmic hierarchy—is given further weight by another tantalizing statement by Scott, namely, that he drew heavily on Sumerian myths in creating the universe of Prometheus. When we consider the extent to which those myths feature gods with divine helpers, it leaves one wondering whether the Engineers were merely the servants of something greater. After all, the Engineers seem pretty damn engineered themselves. They all look the same, and their art seems no less religious than do the cave-drawings back on Earth (a la that wall-image of the xenomorph, to say nothing of the gigantic head). We're thus led down a disquieting chain of logic: just as robots can turn the tables on humans... just as the xenomorphs turned the tables on the Engineers, and just as the Engineers feared humans would do the same — perhaps the Engineers themselves were rebelling against a greater master, left off-screen (and possibly long dead.)

TL; DR

Nós (a raça humana) matamos um Engenheiro (Jesus) que foi enviado para a Terra há 2000 anos para "corrigir" o nosso curso, que os fez decidir nos destruir como uma solução definitiva.

_{(A resposta contém spoilers, mas devido ao fato de que eles estão em vários lugares, decidi não para mascará-los)}

Há uma entrevista de Riddle Scott (que você pode ler aqui ) onde ele realmente resolve sua questão.

O que ele diz é que os Engenheiros criaram a vida na Terra e nos observaram de perto ao longo da história humana. Eles nos visitavam de vez em quando, mas não intervinham.

No momento em que a raça humana chegou ao fundo de sua decadência (que de acordo com o diretor foi durante o Império Romano do Ocidente) eles decidiram "raciocinar" enviando um Engenheiro à Terra, que era o que conhecemos hoje como Jesus Cristo. . O que fizemos com ele? Nós o crucificamos e o matamos.

Esse foi o catalisador que desencadeou a reação deles de retornar à Terra e esvaziar toda a carga de "substância negra". Eles acreditavam que, se eles não podem corrigir o nosso caminho, então nós não temos um "lugar" no universo e nosso objetivo foi completado. Eles traçaram um curso para a Terra para nos destruir, mas seu plano saiu pela culatra quando a substância contaminou e matou a tripulação do navio exato que a equipe de Prometeu visita no filme.

Se você observar atentamente, o Dr. Shaw contata o Engenheiro decapitado e diz que "ele foi morto 2000 anos atrás, mais ou menos". A expedição Prometheus ocorre em 2091, portanto, mais ou menos 60 anos (Jesus morreu quando ele tinha 33 anos), isso faz muito sentido.

Há muita coisa com Deus e religião em geral no filme também. A Dra. Shaw continua usando sua cruz e mesmo que toda a filosofia da religião ocidental seja desestabilizada de um ponto específico do filme, ela se defende dizendo que algum ser maior deve existir que fez os Engenheiros:

-Guess you can take off your father's cross now.

-Why would I wanna do that?

-Because they made us.

-And who made them?
_{Elizabeth talking to Charlie about their DNA findings}

Uma cena alternativa que foi excluída da versão teatral, também explica que os Engineers vêm de um lugar chamado Paradise , o nome que a maioria das religiões humanas dá ao seu céu.

[...]

-When that thing, ripped your head off... What did he say David? Where did they come from?

-Thing, Dr. Shaw? Not too long you considered them gods.

-God never tried to kill me.

...

-So, David? What did he say? Where did they come from?

-There is no direct translation but several of your ancient cultures have a word similar to it. Paradise.
_{Elizabeth asking David what the Engineer said when he talked}

Então, os engenheiros que nos criaram em primeiro lugar são os mesmos que decidiram nos destruir. E eles têm uma boa razão para ficarem chateados!

PS: Adivinhe como eles ficarão mais chateados no próximo filme ( Alien: Covenant ) quando Elizabeth visitar seu planeta vestindo (adivinhe!) sua cruz!