Embora eu não tenha estado exatamente na mesma situação, também tenho dois passaportes alemães e tenho viajado pela Ásia nos últimos anos usando os dois.
Praticamente sempre, use o mesmo passaporte para sair de um país que você usou para inseri-lo. Usando o segundo passaporte quando chegar no próximo país deve estar bem. Se eles realmente querem ver prova da sua estadia no país anterior, você pode mostrar-lhes o seu segundo passaporte.
Algumas dicas:
Em alguns (muitos) países é ilegal que os habitantes locais possuam dois passaportes de seu país, então oficiais de imigração podem estar confusos, mas você pode dizer a eles que isso é perfeitamente legal na Alemanha.
Se você pretende solicitar um visto de terceiro país em um país estrangeiro, talvez seja necessário usar o mesmo passaporte que usou para entrar naquele país. Por exemplo, o pedido de visto chinês é em Hong Kong.
Em geral, mantenha seu segundo passaporte longe do escritório de imigração. Ao entrar no Turcomenistão do Irã, eu entreguei ambos os passaportes porque um tinha meu carimbo de saída iraniano e o outro meu visto de Turkmen. Os guardas de fronteira ficaram completamente confusos porque não perceberam que ambos os passaportes pertenciam à mesma pessoa e queixaram-se do visto turcoengo que faltava no primeiro passaporte, acabei de explicar-lhes que são meus e que tudo estava bem.
Uma das razões pelas quais você pode ter dois passaportes na Alemanha é permitir que você obtenha muitos vistos em um curto período, enviando-os para embaixadas em paralelo, então você pode acabar com alguns vistos em um passaporte e outros vistos. no outro. Na minha experiência, não há problema em trocar os passaportes entre os portões das fronteiras (ou no avião)