Não consigo encontrar nada no RAW que suporte ou proíba isso, então, em última análise, é a chamada do DM (a menos que eu tenha perdido alguma coisa).
No entanto , acho que pode ser feito um caso para tirar o feito:
Os únicos pré-requisitos para o Multiweapon Fighting são "Dex 13, três ou mais mãos". Se o seu eidolon levar Membros (braços) duas vezes, seu Synthesist terá 4 braços enquanto estiver fundido com ele. Supondo que seu eidolon também tenha Dex 13 ou mais, você encontrará os pré-requisitos, mas apenas enquanto estiver fundido com o eidolon .
Agora, se você já tinha a façanha, o fato de você ocasionalmente não atender aos requisitos (ou seja, quando não está fundido, você não tem o número necessário de mãos), não faria com que você a perdesse, apenas torne você incapaz de usá-lo:
A character can't use a feat if he loses a prerequisite, but he does not lose the feat itself. If, at a later time, he regains the lost prerequisite, he immediately regains full use of the feat that prerequisite enables.
Então, isso se resume a: você pode aprender esse feito mesmo que você não qualifique todo o tempo? - isso depende do Mestre, mas não há uma precedência em ganhar ranks na habilidade Fly :
[...] Requirement
You cannot take this skill without a natural means of flight or gliding. Creatures can also take ranks in Fly if they possess a reliable means of flying every day (either through a spell or other magical manner, such as a druid’s wild shape ability).
A sua pergunta diz respeito a um talento, não a uma habilidade, mas parece que, como você pode permanecer no estado fundido enquanto estiver acordado, ele deve ser considerado um meio confiável para treinamento façanha.