Magneto passa a maior parte da trilogia X-Men tentando exterminar toda a vida humana na Terra, sendo aprisionada e depois matando sua saída. Depois, por que ele ficou livre para vagar em parques ensolarados jogando xadrez contra si mesmo? É porque ele é (temporariamente?) Impotente, e então ele está absolvido?
Assumo que as autoridades acham que a perda de poder de Magneto é permanente, então ele não quer mais que os mutantes dominem o mundo e é seguro tê-lo na sociedade.
É como perder seus poderes é punição suficiente para todos os crimes que ele cometeu. No final do dia, é a Marvel, então eles podem não querer aparecer para punir Magneto ainda mais.
Há também a constituição dos EUA para considerar. O terceiro filme deixou claro que os mutantes agora são reconhecidos pelo governo e recebem representação no gabinete do presidente. A Cláusula de Proteção Igual da 14ª emenda da Constituição dos EUA diz:
Section 1. All persons born or naturalized in the United States, and subject to the jurisdiction thereof, are citizens of the United States and of the State wherein they reside. No State shall make or enforce any law which shall abridge the privileges or immunities of citizens of the United States; nor shall any State deprive any person of life, liberty, or property, without due process of law; nor deny to any person within its jurisdiction the equal protection of the laws. [Wikipedia] [US Constitution]
Com esses direitos, o tratamento de Magneto antes e durante os eventos do X2 foi ilegal, e provavelmente recebeu muita indignação quando foi revelado no final do X2. O terceiro filme também discute a moralidade de uma 'cura' e o uso da 'cura' em forma de arma. Isso também poderia ser uma questão legal / política importante, e provavelmente irritou uma grande parte da comunidade mutante.
Com um presidente que apóia os direitos dos mutantes, e como se pode acreditar que a 'cura' foi definitiva, é possível que o governo tenha perdoado ou decidido não processar um velho agora quebrado que acredita-se que não mais capaz de representar uma ameaça.