Nós não sabemos.
Não vemos nada do Ministério da Magia no livro 6, que é o período de tempo que você está perguntando. Meu melhor palpite é que provavelmente foi removido, já que Dumbledore diz que foi "destruído" durante a luta no Átrio.
"The fountain we destroyed tonight told a lie. We wizards have mistreated and abused our fellows for too long, and we are now reaping our reward.”
(Order of the Phoenix, Chapter 37, The Lost Prophecy).
Por que ele diz destruído eu não sei. Duas das estátuas foram atingidas por Avada Kedavra. Mas eu teria pensado que não seria nada que um pouco de Reparo não pudesse consertar. No entanto, talvez a fonte estivesse além do reparo mágico por algum motivo. Ou talvez o Ministério tenha decidido substituí-lo por algo mais apropriado, já que agora era a sede da luta contra os Comensais da Morte. Tudo o que sabemos é que, em Relíquias da Morte , a fonte se foi.
Previously a golden fountain had filled the center of the hall, casting shimmering spots of light over the polished wooden floor and walls. Now a gigantic statue of black stone dominated the scene.
(Deathly Hallows, Chapter 12, Magic is Might).
O que aconteceu com isso continua sendo um mistério.