Na tela (no filme), nunca é explicado onde o R2-D2 obteve o mapa em primeiro lugar. Como você aponta, porém, agora sabemos que o R2 tem esse mapa em seus bancos de dados porque ele o baixou da Estrela da Morte em Uma Nova Esperança . (Na verdade, é por isso que ele "acorda" quando o faz: percebe que provavelmente ele tem o resto do mapa em sua memória).
O mapa é quase certamente um mapa dos Templos Jedi, que Luke estava procurando. Como o mapa era dos arquivos de dados do Império, a solução mais provável é que eles também estavam procurando por todos eles e construindo um mapa para seus locais. Este mapa estava faltando apenas uma "seção" final no momento em que o Império foi derrotado, então eles nunca conseguiram terminá-lo. Isso explica por que ambas as cópias do mapa não possuem a mesma seção.
Como eles nunca terminaram o mapa, nunca encontraram o Primeiro Templo e o mapa está incompleto. Isso explica por que ninguém sabia onde estava, e por que Luke precisava ir em uma "busca" para encontrá-lo em primeiro lugar. O que o velho encontrou no início do filme foi apenas os dados do mapa do último "setor" da galáxia, mostrando onde ficava o primeiro templo.
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