Está completamente bem. Faço coisas semelhantes o tempo todo, embora os dois passaportes que possuo sejam isentos de visto na maioria dos lugares que visito.
O funcionário grego não se importará se você tem um selo da Turquia em seu passaporte. Ela ou ele estará preocupado apenas com selos da Grécia e outros países na área de Schengen, para determinar se você já ultrapassou seu visto. Supondo que você não tenha, não haverá problema.
É claro que, se o funcionário grego fizer perguntar sobre sua viagem à Turquia, ou se você tem nacionalidade iraniana, você deve dizer que é nacional iraniano, e se parece que eles querem documentação disso, mostre seu passaporte.
Em geral, você deve oferecer o mínimo de informações que precisar, mas sempre fornecer qualquer informação solicitada.
Gostaria de acrescentar que uma vez entrei na Turquia com alguns nacionais bósnios / canadianos que não possuíam os seus passaportes bósnios. A Turquia é (ou era então) um dos poucos lugares em que os bósnios podem passar sem visto. Eu estava viajando com um passaporte dos EUA, e minha taxa de visto era algo como US $ 15 ou 20. Os canadenses, entrando em seu passaporte canadense, tinham que pagar uma taxa de US $ 60, se bem me lembro. Eu acho que os valores das taxas discrepantes são baseados nas taxas que os turcos têm de pagar por visitas ao país em questão.
Meus amigos lamentaram não terem trazido seus passaportes bósnios; você vai economizar uma quantia decente lembrando-se do seu iraniano.