A reação de Cooper indica que ela não veio da CIA, e a única outra agência ali era o FBI. Como não era provável que fosse Frank, Sarah, Victoria, etc., aponta para o FBI.
O problema, claro, é que só porque Cooper pediu por pegada, não significa que alguém da CIA não poderia ter feito isso. Como você sugeriu, poderia ter sido outro agente da CIA trabalhando sob ordens diretas dos superiores, trabalhando para sua própria agenda, ou mesmo apenas um caso de nervosismo.
Além disso, Dunning provavelmente tem mais alguns guardas e poderia ter tropeçado em algum tipo de alarme para enviar reforços.
Tudo nessa cena (especialmente o som em câmera lenta e sem som) deixa claro que a cena deve ser dramática e misteriosa, por isso não temos a intenção de saber com certeza. Além disso, não se esqueça de que a cena leva imediatamente a uma fuga de ação, de modo que o espectador provavelmente não pretende se debruçar sobre os fatos e essa cena serviu como uma espécie de transição para sua fuga improvável.