... and that Naomi secretly gave Fred the location of the hidden proto-molecule torpedo?
Exatamente isso ainda não aconteceu no momento da conversa de Fred-Holden (S02E08); somente em um episódio posterior Naomi revela a localização da amostra da protomolécula. E a protomolécula é de fato a motivação por trás da "hostilidade" de Fred: Holden está indo para Ganimedes para destruí-la, mas Fred quer uma parte dela para si / o Cinto:
FRED: I don't have to let you leave, you know. With all the time and repairs I put into this ship, it's arguably more mine than yours.
HOLDEN: We just saved your life. Call it even.
FRED: I know we've had our differences. But if you find the protomolecule on Ganymede Station...
HOLDEN: I sure as hell ain't gonna bring it back to you.
FRED: Then don't bother to come back here at all.
Transcrição do link
Edit: Enquanto re-assistindo, eu tropecei sobre o pouco onde Naomi diz Holden quando ela deu o local para Fred (em S02E13):
There was a moment on the Somnambulist when I thought I wasn't going to make it [...] I gave the protomolecule to Fred Johnson.