Eu não posso dizer com certeza, mas é no fandom que é comumente dito que os transportadores trabalham no nível quântico, enquanto os replicadores só funcionam no nível molecular. Isso poderia levar a pequenos erros no material replicado, como acontece com o DNA replicado no episódio Data do Data
O fato de que a latinum não pode ser replicada, ou pelo menos não é econômico para replicar, sugere que ela não pode ser produzida a partir da matéria-prima usada em replicadores comuns (ou talvez essa matéria-prima teria que ser mais valioso do que o próprio latinum). No entanto, ainda pode ser possível armazená-lo em um padrão de transporte.