A isolação é útil mesmo que não seja perfeita. Idealmente, você deve cobrir o chão do sótão completamente, sem reduzir o fluxo de ar entre as aberturas (sofito, cume, empena, telhado, o que quer). Se uma área específica é importante para isolar depende de sua casa, mas como regra geral, você deve visar isolar quaisquer paredes / tetos entre espaço vital e espaço não condicionado. Você também deve usar algum tipo de barreira de vapor nas bordas, para evitar que o ar e a umidade se movam para o seu isolamento.
Com base na sua pergunta, eu estou supondo que você está olhando para usar isolamento laminado, como fibra de vidro. Você também pode considerar o isolamento de celulose estufado, que é instalado usando uma máquina sopradora que pode forçar o isolamento solto em cavidades. Se você comprar isolamento de celulose em um centro de origem, eles geralmente alugam a máquina gratuitamente. Duas pessoas razoavelmente úteis podem fazer essa instalação - você precisa de uma para alimentar a máquina e outra para operar a mangueira.
Para isolar em torno de penetrações na parede / teto, você também pode usar um produto de espuma em spray enlatado (como "Great Stuff" ou "DapTex"). Isso permitirá que você isole áreas complicadas, e a espuma preencherá os vazios que você tiver - perfeitos para canos, fiação e caixas elétricas. Certifique-se de não usar esses produtos em caixas elétricas ou ao redor de chaminés ou outras áreas quentes, pois elas são inflamáveis.
Eu acredito que não há problema em colocar isolamento em cima das caixas de junção. Se você tiver iluminação embutida no teto, é necessário um invólucro especial - colocar o isolamento sobre um invólucro de luz embutido regular pode causar superaquecimento e é um risco de incêndio.
Uma coisa que não tenho certeza é se é compatível com código para ocultar uma caixa de junção sob isolamento. Código não permite colocar uma junção em um local escondido, como dentro de uma parede sem uma placa de acesso. Eu não acho que isso se aplicaria ao isolamento colocado em um sótão, mas você pode querer entrar em contato com o departamento de serviços de inspeção da sua cidade e perguntar.