Se uma restrição foi planejada, ela deveria ter sido escrita
Não há nenhuma regra, que eu possa ver, que apoie a intuição do seu Mestre; pelas regras, parece que você pode conjurá-las no ar. Na maioria dos casos, acho que provavelmente faz mais sentido; realmente não faz muito sentido para mim que qualquer uma dessas coisas tenha uma altura máxima em primeiro lugar (além da distância máxima que sua magia pode alcançar).
Mas o seu mestre também tem razão: é muito estranho imaginar uma tempestade de gelo ou rochas flutuando no ar, sem que nenhum desses detritos se estenda além da altura do cilindro. Novamente, porque eu acho que ter uma altura limitada em primeiro lugar é estranho. Dito isso, essa é mágica: o gelo e as rochas explicitamente desaparecem depois que o feitiço se esgota. Aparentemente, isso inclui gelo ou rocha que cai fora da área do feitiço. Uma interação estranha que deveria ter sido explicada explicitamente, mas, por mais que eu saiba, é isso que a regra diz.
Resumindo: as regras não são ambíguas (nenhuma restrição é listada, então nenhuma existe), mas não está claro (não é imediatamente óbvio que não haja uma restrição). Um monte de Pathfinder, infelizmente, é assim (e muito genuinamente é ambíguo). Paizo argumentaria que isso é o que serve para a Regra 0, e que um Mestre deveria apenas fazer uma ligação. Pessoalmente, acho que o Rule 0 deve ser para personalizar o jogo e torná-lo legal, não consertando os erros editoriais da Paizo, mas o que quer que seja. O ponto é, "regras-como-escritas", o feitiço pode ser lançado no ar. Seu mestre, sob as regras, tem autoridade para mudar isso se ele quiser.
A magia afeta apenas o solo dentro da área
Se a magia tiver permissão para ser lançada no ar, o solo nunca estará dentro da área, por isso ela não será afetada.