45 minutos é bastante apertado, mas provavelmente factível se você estiver sozinho e vindo de um país da UE. Eu tive uma escala de 1,5 hora vindo dos EUA e fiz isso em tempo suficiente que 45 minutos teria sido manejável, mal, com minha esposa e dois filhos. Você não precisa verificar / checar as malas ou qualquer coisa assim que eu não acredite (pelo menos dos EUA você não sabe - eu não sei se um país da área de Schengen mudaria isso). As linhas de passaporte não demoraram muito quando viajamos, em um dia de fim de semana relativamente movimentado no meio do dia.
Uma coisa a ser observada: se o seu segundo voo for a Germanwings (companhia aérea de baixo custo da Lufthansa), ou mesmo alguns voos menores operados pela Lufthansa, pode ser uma viagem de ônibus até o avião; muitas partidas em Munique são acessadas via ônibus (e algumas de entrada, creio eu, embora não sejam minhas dos EUA). Isso pode adicionar um pouco de tempo.