Há vantagens em fazer isso de qualquer forma.
Se você colocar o painel primeiro, e deslizar a parte superior do balcão para trás, de forma que ele se sobreponha um pouco ao painel, você terá uma borda muito bonita se for devidamente calafetada.
MAS, fazê-lo desta maneira corre o risco de escorrer água pelo respingo traseiro e correr atrás do balcão, criando um risco de rot e / ou molde nos gabinetes embaixo (particularmente se a calafetagem falhar).
Se o painel for sobre o balcão, você atenua o risco de água, mas será muito mais difícil conseguir uma boa aparência.