Isso certamente soa como A Missão do Gênesis por Donald Moffitt .
No entanto, acredito que você tenha misturado a história do segundo livro ( Second Genesis ) sua descrição.
No primeiro livro, os personagens principais são humanos, criados pelos alienígenas e sua descoberta de que há partes da mensagem original que não foram totalmente compreendidas por seus amigos e benfeitores alienígenas. Como resultado, os alienígenas lhes dão os recursos para construir o navio.
No segundo romance, os humanos viajam para a fonte da mensagem. É uma estação antiga (como você descreveu) onde eles descobrem que os humanos foram extintos, e a raça sucessora na Terra também foi extinta e uma terceira espécie evoluiu.