Resposta curta, Não .
Eu fiz quase exatamente a mesma coisa no passado. Eu tinha um visto de longa permanência na França e entrei no Schengen através de Amsterdã e depois viajei para a França via trem.
Desde que você tenha um visto Schengen válido, você não deve ter problemas na Alemanha através da imigração. Além disso, você tem um voo de conexão válido para Paris nas próximas horas para que o funcionário da Visa não se preocupe.
Verifique as respostas aqui para mais informações - Minha primeira viagem deve ser para o país que me emitiu o visto Schengen?