Seu caso deve ser coberto por direitos dos passageiros da UE (Regulamento (CE ) 1371/2007).
De acordo com o regulamento, você deve receber um reembolso de 50% do preço original do ingresso. Além disso, eles devem reembolsar o bilhete para o novo trem (mas você deveria ter perguntado funcionários Deutsche Bahn em Munique naquele dia se eles iriam desbloquear o seu bilhete original para a conexão manhã).
De acordo com esta Trenitalia folheto você pode apresentar um pedido em seu site .
Eu não tenho experiência direta com eles e, portanto, não sei como é problemático obter um reembolso na prática.