As criaturas seriam retiradas

O feitiço afeta apenas criaturas e objetos:

All creatures and objects that aren't somehow anchored to the ground in the area fall upward and reach the top of the area when you cast this spell. A creature can make a Dexterity saving throw to grab onto a fixed object it can reach, thus avoiding the fall.

O que da água?

A água é uma característica do ambiente e, portanto, não é um objeto, já que esta linha do Livro do Jogador implica:

You can also interact with one object or feature of the environment for free, during either your move or your action. 

Além disso, um objeto é ...

[A]n object is a discrete, inanimate item like a window, door, sword, book, table, chair, or stone, not a building or a vehicle that is composed of many other objects.

... de acordo com as Regras Básicas, para que um líquido não possa ser um objeto, pois não é discreto. Objetos discretos podem ser facilmente distinguidos e separados de outros objetos. Você não pode separar cubos de gelo derretidos (que são objetos) da água que fica para trás. (Obrigado @Rubiksmoose )

Em suma, a água não é afetada.

Do meu ponto de vista, a área em si não inverte completamente a gravidade (já que isso causaria efeitos muito mais estranhos), mas a força atual da gravidade atuando sobre todos os objetos e criaturas na área é invertida.

O feitiço diz:

All creatures and objects that aren't somehow anchored to the ground in the area fall upward and reach the top of the area when you cast this spell.

para que todas as criaturas e objetos, de fato, "caiam" para cima.

Poderíamos discutir se a água conta como um "objeto", mas na verdade não precisamos, porque o feitiço também diz:

This spell reverses gravity in a 50-foot-radius, 100-foot high cylinder centered on a point within range.

e sabemos que a água é afetada pela gravidade.

Simular a mecânica exata disso seria complicado, mas podemos esperar:

• a água dispara até o topo da magia
• mais água corre do resto do lago para preencher a "lacuna"
• que a água dispara até o topo da magia também, até que o lago esteja seco ou a magia esteja cheia de água
• da água que atinge o topo do feitiço, parte dele passa pelos lados, caindo de volta ao lago
• então há uma cachoeira (ou corrente?) de água fluindo para baixo ao redor das bordas do feitiço, e há uma cachoeira reversa (corrente reversa?) de água fluindo para cima dentro das bordas

Isso continua até que a duração da magia acabe.

Um mestre muito detalhista poderia inventar regras descrevendo quão rápido as criaturas no topo foram empurradas até as bordas pela corrente de água, e que atletismo eles podem precisar de cada rodada para evitar serem varridas do feitiço e caírem de volta para a superfície do lago (e, em seguida, sendo varrida novamente para cima, etc.).

Um mestre menos detalhista poderia simplesmente dizer a todos que eles estavam no topo do feitiço e também havia muita água lá em cima.