Na transcrição :
DATA: Population ...approximately nine billion. ...All Borg!
TROI: How?
PICARD: They must have done it in the past. ...They went back and assimilated Earth. ...Changed history.
CRUSHER: Then if they changed history why are we still here?
DATA: The temporal wake must somehow have protected us from the changes in the time-line.
Eu acrescentaria que há outra circunstância de um navio ser protegido de mudanças na linha do tempo: a Voyager uma vez teve proteção temporal contra mudanças na linha do tempo no episódio duplo do Ano do Inferno. Isso é um pouco diferente, porque a saída está isolando a Enterprise das mudanças em seu próprio passado, mas a ideia é basicamente a mesma. Claramente, a esteira está agindo como uma espécie de escudo temporal.
Adendo: O OP pediu mais informações sobre como o rastreio os protegeria. Não há nenhuma explicação no universo, tanto quanto eu sei, então ficamos com pequenos pedaços de informação que podemos juntar com a suposição. No primeiro contato, nos dizem o seguinte:
DATA: Sensors show chronometric particles emanating from the sphere.
PICARD: They're creating a temporal vortex.
Assim, podemos assumir com segurança que o rastro é composto de "partículas cronométricas". Eu estou supondo que este é outro termo para cronronos, que foram mostrados para ter propriedades temporais, desde escudo temporal da Voyager, que, como mencionado, é semelhante ao rastreio de como as protege de alterações para a linha do tempo, usa crontons. Eu vou usar esse termo porque é mais curto. Vamos dizer, então, que o rastro é composto de cronitons. Vimos em outro cânon do ST que os cronitons, quando há o suficiente deles em um lugar, podem essencialmente desalojar um navio de sua posição no tempo, causando viagem no tempo (aconteceu com o Defiant em um ponto, IIRC, porque eles re gerado por dispositivos de camuflagem romulano).
Eu sugeriria que isso foi o que aconteceu - que a nave estava essencialmente parcialmente fora do tempo, capaz de interagir com as coisas, mas não influenciada pelas mudanças na linha do tempo. Este próximo bit é uma suposição completamente sem suporte. Talvez haja algum tipo de trilha em uma dimensão maior entre a Enterprise e seu passado, uma que é cortada por causa de alguma propriedade desconhecida inerente aos cronronos. Uma interferência de tipos. Isso pode explicar por que eles podem interagir, mas não são afetados por mudanças temporais.
A coisa sobre tudo isso é que, como o OP disse, até Data realmente não sabe. O fato é que a ciência da Federação sabe pouco sobre a mecânica temporal. Eles só podem observar os efeitos de certas ações, mas estão longe de explicá-los de qualquer maneira significativa.