Eu acho que isso pode ser apenas Death on the Nile por Connie Willis, que combina em alguns aspectos, mas difere em outros. Especificamente, Morte no Nilo é uma novela e o primeiro capítulo é bem próximo de sua descrição. Você menciona a pergunta semelhante Procurando um título de conto que é definido nas pirâmides do Egito , embora você diga que isso não é o mesmo. No entanto, eu acho que é a mesma história e você simplesmente se lembrou de diferentes partes dela.
A história começa com o protagonista em um voo para o Cairo como parte de um grupo de turistas (a protagonista é uma mulher e não um homem - acho que nunca aprendemos o nome dela). A cena de vigília é quando outro membro do grupo acorda durante uma turbulência severa e o protagonista faz um comentário (aparentemente uma piada) sobre uma bomba:
His shouting wakes Zoe’s husband up. He blinks at Zoe, confused that she is not reading from her guidebook. “What’s going on?” he asks.
“We’re all dead,” I say. “We were killed by Arab terrorists. We think we’re going to Cairo but we’re really going to heaven. Or hell.”
O protagonista olha pela janela mas ela não vê nada:
I look past her and out the window at the white flatness where the wing should be. We should be able to see the lights on the wing even in the fog. That’s what they’re there for, so you can see the plane in the fog. The people on the ship didn’t realize they were dead at first. It was only when they started noticing little things that weren’t quite right that they began to wonder.
“‘A guide is recommended,’” Zoe reads.
I have meant to frighten Lissa, but I have only managed to frighten myself. We are beginning our descent, that’s all, I tell myself, and flying through a cloud. And that must be right.
Mas a história diverge da sua, porque tem várias outras partes cobrindo a chegada ao Egito e uma visita ao Vale dos Reis. É durante isso que o protagonista vê algo como um crocodilo:
There is something in the water. Not a ripple, not even enough of a movement to shudder the image of the sun, but I know there is something there.
It is long and dark, like a crocodile. I lean over farther, gripping the rail, trying to see into the transparent water, and catch a glint of scales. It is swimming straight toward the boat.
A partir deste ponto, a história começa a ficar cada vez mais alucinógena. O grupo entra em um túmulo e um por um todo mundo desaparece deixando apenas o protagonista. A história termina:
I take hold of the doorjamb with one hand so I won’t fall on the stairs. With the other I hold the book against me. “Get back, you evil ones,” I say. “Stay away. I adjure you in the name of Osiris and Poirot. My spells protect me. I know the way.”
I begin my descent.