O final do Iron Man 3 é baseado em alguma fonte canônica?

O filme-verso da Marvel (incluindo filmes de Hulk, Capitão América, Thor e Homem de Ferro) tem seu próprio cânone, separado dos quadrinhos.

Assim, a resposta fácil para a sua pergunta é "Sim, isso é canon para os filmes", já que o filme em si é uma fonte canônica.

Fora isso, acredito que Tony Stark passou por muitos altos e baixos em sua vida nos quadrinhos. Simplesmente destruir as armaduras e o reator não o impedirá de criar novas armaduras ou novos reatores no futuro.

O que eu acho que você está perdendo é que Tony Stark está fazendo um ponto - ELE é o Homem de Ferro. A armadura não faz dele um herói, é apenas uma ferramenta. Ele está fazendo o mesmo ponto que ele e Rhodie fizeram em Homem de Ferro 2 - é a pessoa dentro da armadura que importa, não a armadura.

É baseado no enredo Extremis da história do Iron Man, que acabou mudando um pouco para se encaixar no filme e eu acho que eles propositadamente não explicaram tudo para que eles possam revelar os novos extremos Tony Stark / Homem de Ferro para os Vingadores 2.

Extremis Iron Man

After being critically injured during a battle with a nanotech-enhanced foe, Stark injected his nervous system with a modified techno-organic virus to save his own life. This fused Stark's armor to his body, allowing him to store the inner layers of the Iron Man armor in the hollows of his bones as well as control it through direct brain impulses. The Extremis enhancement has turned Stark into a cyborg, whereby the usage of his existing lockchip (a personal area networking implement implanted in his forearm) is directly integrated into his nervous system.

His new armor is no longer a bulky unit which houses its own AI "response server" and miscellaneous interfaces for neural control. Instead, it is more lightweight (constructed of a pliable crystalline material with a molecular structure that can collimate into super-hard planes upon the application of an electrical field) and less complex (as it interfaces directly to Stark's brain via the Extremis-modified cybernetic connections), and has much faster response time since it effectively functions like Stark's second skin.

^Source

A série terminou. A história não continua de forma alguma. Robert Downey Jr. e Gwyneth Paltrow afirmaram que a série termina com Iron Man 3. O arco nunca foi usado nos quadrinhos. Além disso, ele jogou o reator para longe. Mesmo se ele usar a armadura (se ele construir uma) com um reator de arco instalado dentro da armadura, não importará porque ninguém está sendo impedido de apenas arrancar o reator. Ele criou e usou o Homem de Ferro. Ele ainda permanece Homem de Ferro sem a armadura. A resposta para a pergunta: "O homem faz o terno ou o terno faz o homem?" é o homem faz o terno. O terno é apenas uma ferramenta, como Jeff disse. Apenas Tony, dentro do processo importa. O estilhaço nunca foi removido nos quadrinhos porque o próprio coração foi removido e substituído / reparado com tecido artificial. Toda a série é um cânon.