Se você ler o capítulo cuidadosamente, a resposta está à vista:
But the bell to signal break never came. Instead, echoing through the corridors came Professor McGonagall’s voice, magically magnified.
‘All students to return to their house dormitories at once. All teachers return to the staff room. Immediately, please.’
mais tarde
‘Right,’ said Professor McGonagall, whose nostrils were flared, ‘that’s got him out from under our feet. The Heads of Houses should go and inform their students what has happened. Tell them the Hogwarts Express will take them home first thing tomorrow. Will the rest of you please make sure no students have been left outside their dormitories.’
A clara implicação é que os alunos são levados diretamente de suas aulas e bloqueados em seus dormitórios. Já que Ginny deve estar faltando em sua aula (ou pelo menos não ter voltado ao seu dormitório), a partir daí deve ser muito fácil determinar qual "esqueleto ficará na Câmara para sempre" pelo expediente simples de descobrir qual aluno do sexo feminino está faltando.