@ Joshua1729 - Acabei de reler GoF e Lily sai primeiro e ela instrui Harry a se segurar, seu pai está chegando.
Quanto ao resto, eu também presumi que Pettigrew tivesse retornado à casa do Potter imediatamente depois, com essa intenção ou não, e pegou a varinha de Voldemort e qualquer outra coisa que ele deixou para trás, depois a escondeu em algum lugar. Ele provavelmente não queria que caísse nas mãos do MoM, nem ter sido pego com esses itens.
A teoria de que o que um bruxo tem sobre eles, quando eles se transformam em um animago, transforma também faz sentido, então eu não entendo porque Pettigrew não tinha sua própria varinha com ele nos anos de intervenção. Eles dizem no PoA que tudo o que encontraram de Pettigrew era um dedo, então o que aconteceu com sua varinha no tiroteio com Black? Teria estado em suas mãos quando Black o confrontou, então parece provável que ele teria se transformado com ele. E se não o fizesse, ao contrário da varinha de Voldemort no Potter, Pettigrew não teria sido capaz de retornar ao local até que os funcionários do MoM terminassem de investigar e manipular os trouxas, e isso poderia ter sido horas ou dias. Além disso, acho que Pettigrew teria querido colocar tanta distância entre ele e o local quanto possível. Então, ou o MoM encontrou e esse detalhe foi omitido, ou Pettigrew ainda tinha, mas perdeu em algum lugar ao longo do caminho depois.
Quanto a Voldemort não permitir que Pettigrew use sua varinha, eu não concordo com o exemplo de @ Joshua1728. A diferença entre GoF e DH é a diferença entre Voldemort enfraquecido e Voldemort poderoso. Voldemort é tão fraco em GoF que nem consegue se retirar de uma pilha de vestes. Ele provavelmente não tinha poder mágico suficiente para usar a varinha, e pode não ter sido strong o suficiente para segurá-la, já que Pettigrew tinha que fazer TUDO para ele. Ele poderia ter tolerado Pettigrew usando sua varinha se essa fosse sua única opção.
Na mesma linha, como Sirius conseguiu outra varinha? Seria de se esperar que sua varinha fosse confiscada pelo MoM quando ele foi preso por matar Pettigrew. A menos que alguém invadisse o "depósito de provas" do Ministério para recuperar sua varinha, ele precisaria de uma nova varinha. Agora, talvez Dumbledore tenha conseguido convencer Ollivander a ajudar Sirius depois que se soube que Voldemort estava de volta, mas Dumbledore teria que contar com Olivaras não dando essa informação ao Ministério e, dada a abordagem do MoM em OotP, isso parece duvidoso. A Ollivander é uma varejista, sujeita a regulamentação e supervisão do Ministério. Teria sido do interesse dele ficar nas boas graças do Ministério.
De qualquer forma, eu continuei por muito mais tempo do que pretendia. Mas basicamente, eu acho que esta é uma questão que poderia ser levantada sobre qualquer um que estivesse preso em Azkaban (Black, LeStranges, etc.), bem como sobre Voldemort e Pettigrew.