Eu não acho que eles sejam inconsistentes.
Quando Malick está explicando a verdadeira história da HYDRA para Ward, ele diz:
HYDRA was founded with the sole purpose of engineering [the Inhuman’s] return. Over generations, HYDRA’s taken different shapes. The entity has been given different names.
O HYDRA não é uma entidade singular; é feito de muitas pessoas e tem muitos ramos. O fork nazista, liderado por Red Skull, era apenas uma parte de uma organização maior. Malick menciona Red Skull de passagem:
Red Skull was following the principle that HYDRA was built upon, that the ultimate power was not of this world. But HYDRA well, we're much, much older than that.
Para muitas pessoas, parece que a Red Skull foi a fundadora da HYDRA. (E talvez essa tenha sido a primeira vez que usou esse nome específico.) Isso inclui o Capitão América e a maioria da SHIELD - eles têm mantido suas atividades com o Monolith muito quietas.
É inteiramente consistente que esta organização se estenda por vários séculos, e também que as pessoas erroneamente acreditem que ela foi iniciada pela Red Skull.