Há uma questão muito diferente a ser lembrada - a água no micro-ondas pode superaquecer e "explodir" quando é perturbada.
Outro cartaz teve exatamente esse problema há pouco tempo: A água explodiu no microondas
Siga as precauções usuais, por ex. colocando um palito de madeira ou uma pedra pequena e muito limpa (os químicos os têm em seus laboratórios) em sua vasilha. Em uma pitada, uma colher serve, mas nem todas as microondas manipulam objetos de metal.
Se você está preocupado que aquecer a água em um microondas talvez não seja suficiente para matar todos os "males", lembre-se que matar bactérias é uma função do tempo e da temperatura, então você pode se sentir mais seguro ferver, mas continue fervendo por mais um minuto. Eu diria que isso é principalmente para o seu benefício psicológico, mas certamente não vai doer. A temperatura atingida é idêntica para diferentes dispositivos de aquecimento, pois a física dita o ponto de ebulição da água e não pode exceder esse limite, desde que seja líquida.