Vou sugerir que você obterá os melhores resultados com a opção # 1. Se remover as fezes, poderá associar a parte traseira fixa da bancada para encaixar no interior das aberturas das janelas no lugar das fezes originais, tornando-a uma peça contínua. Isso é praticamente o que sua renderização mostra e eu acho que isso é o que faz a construção de banco de janela mais bonita. Vai ser mais trabalho, pois você pode precisar remover a janela
batentes para tirar os bancos.
Você poderia simular aquele visual de peça única cortando as fezes existentes na parede, como você sugere na opção # 2. Mas eu acho que vai ser complicado fazer esse corte suave e direto com as fezes ainda no lugar, e se não for um corte legal, você vai ter uma costura irregular para preencher lá. De qualquer forma, se você for com essa opção, eu usaria um marceneiro de biscoito para codificar positivamente os dois pedaços juntos para certifique-se de que eles permaneçam nivelados.
EDIT: Opa, só notei essa parte sobre a ventilação do radiador. Assim, a peça traseira fixa estará aberta principalmente para a ventilação. Acho que esta resposta só se aplica se você decidir fazer essa abertura de ventilação menor (ou seja, pequena o bastante para fazer com que a parte traseira fique fora de uma única placa).