Na minha experiência, sim, ele será removido para que o policial possa verificar a validade da aparência. Eu viajei por décadas com uma capa transparente e, mais frequentemente, apenas a aba traseira foi removida para que um pequeno adesivo pudesse ser afixado na tampa traseira. Além disso, uma capa dificulta a digitalização. Caso seja apresentado com cobertura, os oficiais não parecem incomodados; eles simplesmente removem e devolvem o passaporte.