O visto é, em qualquer caso, válido, não há nada que explicitamente impeça fazer o que você fez. Se os guardas de fronteira alemães perguntarem sobre isso, simplesmente explicar que você estava em trânsito deveria ser suficiente.
Se eles são suspeitos, ter alguma documentação de sua viagem à Espanha (cartão de embarque do vôo anterior, se você ainda os tem ou qualquer outra coisa que mostre que você esteve na Espanha) pode ajudar. Selos de entrada / saída não são as únicas coisas que você pode usar para provar que você usou o visto como pretendido.