Você pode tentar passar por uma lista de histórias do Generation Ship e tentar ver por si mesmo se alguma corresponde às suas memórias. Esta lista em good reads.com link poderia ser um bom começo.
O primeiro livro dessa lista, Não-Stop de Brian W. Aldiss se encaixa muito bem na sua descrição. Há uma tribo, dois dos quais participam de uma jornada exploratória, e descobrem que o trabalho é um navio ... exatamente como você disse.