Sim, porque cantrips são feitiços

Especificamente, as cantrips são mágicas de 0º nível. Do PHB:

Every spell has a level from 0 to 9. A spell's level is a general indicator of how powerful it is, with the lowly (but still impressive) magic missile at 1st level and the earth-shaking wish at 9th. Cantrips - simple but powerful spells that characters can cast almost by rote - are level 0.

Como cantrips são feitiços, e Elemental Affinity permite que você adicione seu mod Cha a danos quando você conjura uma mágica, Elemental Affinity se aplica a cantrips (que causam o tipo apropriado de dano elementar, é claro).