Por que os Malfoys fugiram a pé?

Eles não podem desaparecer ou aparatar porque estão em Hogwarts. A entrada na wiki Apparition na harry potter wikia explica os detalhes das magias de aparição. (quem, quando, onde você pode, etc)

Some places that you can not apparate into are Azkaban, Hogwarts and Nurmengard.

Quanto ao motivo pelo qual eles não voariam para longe, para ser honesto, essa parte da sua pergunta parece se limitar a questões baseadas em opiniões. A melhor resposta que eu poderia dar a respeito de porque eles não voaram para longe seria que eles são os Malfoy e eles são orgulhosos demais para simplesmente fugir. Isso é apenas uma teoria embora. Ou talvez eles não tivessem vassouras.

Alguém poderia argumentar que os encantamentos de proteção haviam caído, ou que os Malfoy tinham uma varinha entre os três.

Eles são todos vistos na batalha, eles precisam ser vistos claramente deixando-o. Se você os viu desaparecer, não está claro por que ou para onde eles vão. Eles poderiam estar ocupando posições de flanco. Ao ir embora, eles estão fazendo uma declaração clara para a Ordem que eles não estão mais envolvidos com Voldemort. J.K. Rowling indicou em Pottermore e em entrevistas que os Malfoy não são aprisionados depois da guerra. Parte do motivo pelo qual eles estavam livres foi porque eles ajudaram Harry (Draco na Mansão, Narcisa na floresta). Todos os 3 foram vistos na batalha final, a fim de garantir uma boa defesa, eles precisam sair de uma forma que mostre à Ordem que eles não são leais a Voldemort (que está voltado para a outra direção). Eles podem dizer que só vieram a Hogwarts para encontrar Draco e garantir seu retorno seguro para casa. Lembre-se também que, até este ponto, Lucius não fez nada para ajudar Harry, mas ele é deixado com uma escolha entre seguir sua família ou ficar para lutar. Isso, combinado com seu testemunho contra os Comensais da Morte depois da guerra, assegura sua liberdade.