A abordagem usual é cortar uma tira fina do mesmo batente e molduras e colar no lugar.
Você também pode preencher pequenos pontos com um produto à base de epóxi, como o Bondo ou outro preenchedor semelhante a uma pasta (não o usaria para superfícies verticais mais grossas, pois pode cair). Pode ser esculpido e lixado como uma madeira dura.
Uma combinação dessas técnicas deve lhe dar uma superfície bastante imperceptível, uma vez pintada.