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Deflexionar mísseis tem esta aparência:
Deflect Missiles: Starting at 3rd level, you can use your reaction to deflect or catch the missile when you are hit by a ranged weapon attack. When you do so, the damage you take from the attack is reduced by 1d10 + your Dexterity modifier + your monk level. If you reduce the damage to 0, you can catch the missile if it is small enough for you to hold in that hand.
Deflexione Mísseis diz que o dano que você tira do "ataque" é reduzido. E o ataque do Yuan-ti é assim:
Shortbow. Ranged Weapon Attack: +3 to hit, range 80/320 ft., one target. Hit: 4 (1d6 + 1) piercing damage plus 7 (2d6) poison damage.
"O ataque" significa todo o ataque, não algum subconjunto do ataque ou apenas a seção de dano da arma do ataque. Então Deflexionar Mísseis reduzirá o dano total que você recebe do ataque, e você terá que reduzir o dano total do ataque a 0 para pegar a flecha.
Como tudo no D & D 5e, isso está aberto a decisões do DM em nome do realismo, da diversão ou da sanidade. Pessoalmente, eu pensaria muito antes de mudar a maneira como isso funciona; dependendo de como você governar isso, você pode acabar tornando os monges imunes aos Rogues.