O conselho que você recebeu é um pouco surpreendente. É verdade que você não pode obter um visto Schengen que se sobreporia a outro visto Schengen válido, mas parece estranho que um visto que já tenha sido usado contasse como um visto válido. Em qualquer caso, o consulado maltesa deve ser capaz de invalidar o seu próprio visto e substituí-lo por outro se assim o desejarem. A única coisa que eles não podem fazer sob qualquer circunstância é conceder-lhe outro visto Schengen uniforme se você já tiver permanecido mais de 90 dias na área nos últimos 180 dias .
Agora, se o visto mencionar 45 dias em "duração da estada", você ainda poderá permanecer por mais 45 dias antes de atingir o limite de 90 dias, mas não com esse visto. Então, se você usou seus 45 dias, você definitivamente precisa de outro visto para entrar novamente na área de Schengen. Em qualquer caso, o conselho sobre ficar 45 dias fora do espaço Schengen não faz sentido para mim. Você talvez ficou no espaço Schengen em outro visto antes de fevereiro?
De qualquer forma, se você já usou a duração da estadia mencionada no seu visto, não acho que seja seguro viajar.