É uma questão intrigante. Por um lado, o ar aprisionado é aquecido através da radiação. Por outro, atua como isolante. Tenha em mente que não estamos falando de fluxo de ar, mas de fluxo de calor (por condução, convecção e radiação).
A resposta provavelmente depende de quantas janelas estão expostas ao sol, onde temperaturas extremas são geradas entre os painéis. Nesses casos, o benefício de isolamento do segundo painel é provavelmente superado pela eficiência perdida devido ao efeito estufa.
Para as janelas que geralmente são sombreadas, o segundo painel cria um buffer de ar preso, o que reduz drasticamente a perda de condução.
Eu não acho que uma conclusão possa ser tirada com a informação dada. Você pode atualizar sua pergunta para descrever os recursos de construção e propriedade em mais detalhes. (Não coloque em um comentário.)