Os alienígenas do wormhole existiam fora do tempo, mas não eram de forma alguma oniscientes.
Particularmente, toda a idéia de tempo linear, causa e efeito, os confundiu - isso aparece em vários episódios, mas particularmente no piloto e, mais tarde, quando um segundo emissário aparece.
Isso significa que eles provavelmente não saberiam o efeito de mudar a personalidade de Nagus, já que isso precisaria que eles entendessem causa e efeito em uma existência linear.
Quanto a lembrar as coisas depois de terem sido informadas sobre eles em encontros anteriores, isso é um pouco mais difícil de explicar ou racionalizar. Mas, novamente, eles não são oniscientes - então provavelmente não têm acesso imediato a todo o conhecimento que eles têm disponível. Sim, isso implica algum tipo de linearidade, mas é difícil descrever uma existência não linear quando tudo o que você experimentou é a linearidade. Na verdade, acho que essa pode ser a resposta mais simples - eles têm algum tipo de fluxo de tempo, mas não é contíguo com o fluxo de tempo em nossa existência.