Eu não posso falar por todas as mesquitas do país, mas certamente pela minha experiência de visitar algumas mesquitas em KL e Malaca, é um caso de "Mais ou menos".
Todas as mesquitas tinham áreas de visitantes onde ninguém tinha qualquer problema comigo, um cara branco de jeans e uma camiseta comum vindo para dar uma olhada.
Os cartazes diziam que não havia calções nem camisas com fotos de crânios (ou outras coisas selvagens), mas eu não encontrei nenhum problema, eles estavam acostumados com turistas.
No entanto ... isso foi apenas para ver uma área de visitantes. Ir para a parte principal da mesquita em si, onde a adoração acontece; os dois maiores em KL tinham sinais explicitamente dizendo que isso não era permitido para não-muçulmanos.
Se bem me lembro, a mesquita nacional tinha marcado horas quando não-muçulmanos podiam fazer turnês, mas geralmente não era permitido.