Para fazer sua conexão BCN-LIS, você tinha que entrar no Espaço Schengen, mesmo que você permanecesse dentro dos aeroportos. Para isso, você teve que passar pela imigração - não havia maneira de contornar isso - e isso é suficiente para fazer os dois dias valerem.
Se você realmente precisar desses dias para não contar com seus 90 dias no futuro, precisará fazer uma rota que não exija a bordo de um voo Intra-Schengen (por exemplo, direto, por meio de um único aeroporto Schengen ou através de aeroportos não-Schengen como Londres, Shannon, Moscou ou Istambul, apenas para citar alguns).