Porque eles acreditavam que ambas as agências poderiam estar comprometidas no momento.
No primeiro filme, a agência Kingsman é liderada por Arthur, que Eggsy descobre que está em aliança com Valentine. Ele então vai diretamente para a agência e conta as duas únicas pessoas em quem ele confia: Merlin e Roxy.
Eles não podem ir e contar para qualquer um dos outros agentes, porque eles podem ter participado do plano junto com Arthur. É por isso que Merlin confia a Eggsy uma infiltração na base de Valentine: ele é o único que não é Lancelot em quem ele pode confiar (porque ela acabara de ingressar na agência).
A missão também é incrivelmente sensível ao tempo, então eles não poderiam gastar o tempo rastreando agentes individuais e vendo se eles são confiáveis ou não, eles só tinham que continuar salvando o mundo por conta própria.
Da mesma forma no segundo filme: Harry não confia em Whiskey e atira nele. Neste ponto, Harry não sabia o motivo de Whiskey para quebrar a garrafa com a cura, ele poderia ter sido ordenado para se certificar de que a cura não foi recuperada pela agência, e é por isso que eles não dizem a ninguém mais o que eles estão fazendo.