Sim, os ataques mágicos corpo-a-corpo se beneficiam das regras opcionais de flanco.
Por quê? Isso porque flanquear concede vantagem em Ataques Corpo a Corpo .... e um Ataque Mágico Corpo a Corpo é um Ataque Corpo a Corpo. Assim como Ataques Mágicos à Distância são Ataques à Distância.
SE as regras apontarem ataques Arma corpo-a-corpo, então isso não funcionaria.