Como os zovits já disseram em sua resposta, é estabelecido pelo canon principal da mostra que as origens da família Apple podem ser encontradas em outra região de Equestria. Infelizmente, a zona exata ainda é desconhecida, mas pode estar de alguma forma relacionada a Appleloosa (ver S01E21).
Dito isto, é bastante claro que os criadores realmente queriam retratar a família como uma família estereotipada de agricultores com um strong sotaque sulista. A questão seria então "por quê?"
Muitos episódios referenciam a família Apple como uma das primeiras famílias a se estabelecer na terra que se tornaria Ponyville. Isso se encaixando em outro estereótipo. As maçãs não são apenas "agricultores". Eles são colonizadores, muito parecido com a família da Avó Pato Elvira dos quadrinhos da Disney.
Embora isso ainda não responda à pergunta, acho que a premissa deve ser feita para entender o resto.
Como qualquer um lendo provavelmente sabe, A.J. é o atual portador do elemento da honestidade. Embora o programa nunca explique realmente o que cada elemento realmente é em maior detalhe, podemos seguramente assumir que "Honestidade" aqui não é apenas uma questão de "não contar mentiras". Múltiplas lições indicam que mais um significado de "Honestidade" é "ser honesto consigo mesmo", ou seja, "seja sincero com a sua origem, não tente esconder quem você é apenas para agradar aos outros". Embora não seja uma confirmação direta ou uma explicação no mundo, é bem interessante notar que no primeiro especial de quadrinhos da Equestria Girl, temos um vislumbre de como o mundo humano se encontra primeiro. Aqui, você pode ver A.J. como ela acabou de se mudar para Canterlot High ... E quase imediatamente ela é escolhida por seu sotaque sulista e pela maneira como ela se veste (é um pouco estranho, já que ela também é "escolhida" por Babs Seed, que parece muito mais velha este mundo do que ela é em Equestria). Enquanto no começo ela tenta mudar e "se tornar como o resto dos estudantes" (a ponto de tentar mudar a maneira como ela fala), ela irá decidir que ela deve ser "verdadeira" para si mesma, e reverte para a antiga hábitos.
Eu sei que os quadrinhos não são considerados canônicos com o programa, e um relacionado com o Equestria Girl provavelmente não é muito melhor, mas isso parece ser o mais próximo que podemos chegar a uma resposta oficial. O tema "Honestidade" parece ser jogado em toda a família: seja fiel às suas raízes, às suas tradições (as Maçãs parecem seguir muitas tradições familiares e podem ter algumas maneiras diferentes de celebrar alguns eventos do que o resto de Ponyville) - e assim por diante. Desta forma, parece apenas apropriado que eles ainda tenham o mesmo sotaque que sua família "sempre teve".
Eles ainda se importam com as maçãs da mesma maneira. Eles ainda produzem cidra da mesma maneira. Eles ainda comemoram com seus parentes da mesma maneira ... e eles provavelmente ainda falam da mesma maneira.