Resposta especulativa:
A SHIELD é uma organização estabelecida, mas está muito na sombra.
Se Coulson se apresentou como sendo da SHIELD, Pepper provavelmente teria dito "isso é legal" porque não parece uma organização (quase) governamental. "Divisão de Intervenção, Reforço e Logística da Pátria Estratégica" soa legal e oficial - uma espécie de como o DHS foi estabelecido pela primeira vez como o Departamento de Segurança Interna.
O quip "estamos trabalhando nisso" pode ser apenas isso - uma piada, e não uma indicação de que a SHIELD ainda não tenha seu nome.
No final do filme, as credenciais da SHIELD são estabelecidas com Pepper e Tony, e com o público, então Coulson é capaz de usar a sigla.
Além disso:
we know from the subsequent films that this is not at all the case.
Bem, temos apenas que citar o desenvolvimento do universo - a história de fundo da SHIELD pode não ter sido totalmente desenvolvida (pelo menos no que diz respeito aos filmes).